組合の議会は、組合を構成する甲賀市、湖南市の2市の議会において市議会議員の中から選出された議員で構成されています。議会の開会は、年2回の定例会と必要に応じて開かれる臨時会があり、組合の運営に関する条例や予算・決算などを審議されます。

• 定数
  　議員の定数は、組合規約に基づき10人としています。
• 選出方法
  　議員は、甲賀市、湖南市の議会において、それぞれ市議会の議員の中から各5人が選挙されます（甲賀市議会議員5人、湖南市議会議員5人）。なお、組合議会議員に欠員が生じた場合は、前任者を選出した関係市の議会において、補欠選挙されます。
• 任期
  　議員の任期は、関係市に属する市議会の議員の任期によります。

組合の議員の中から議長および副議長1人を選挙します。

• 定例会
  　毎年3月および9月に開会されます。なお、特別の事情がある場合は、これを繰り上げ、または繰り下げて開会することができます。
• 臨時会
  　必要に応じて開会されます。