組合の議会は、組合を構成する甲賀市、湖南市の2市の議会において市議会議員の中から選出された議員で構成されています。議会の開会は、年2回の定例会と必要に応じて開かれる臨時会があり、組合の運営に関する条例や予算・決算などを審議されます。